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高效的全基因组回归 Regenie - GWAS方法 - 知乎

高效的全基因组回归 Regenie - GWAS方法 - 知乎首发于GWASLab切换模式写文章登录/注册高效的全基因组回归 Regenie - GWAS方法GWASLabgwaslab.com 分享生物信息，统计遗传学学习心得。本方法由Regeneron Genetics Center开发，regenie基于一种机器学习方法（Stacked block ridge regression）。Regenie相比于之前的基于LMM/GLMM的方法，如bolt-LMM，fastGWA，以及SAIGE等方法，具有以下主要特点：1 相比其他方法 更快，更省内存。2 可适用于数量表型，或是二分类表性。3 可以同时对多个表型进行检验。4 可以矫正在case-control不平衡时，mac过低造成的SNP效应值的过高估计（SAIGE-SPA存在此问题）。regenie 方法简介：regenie与saige或fastGWA一样，同样采用了两个步骤的模式来进行检验。STEP 1，估计空模型 （主要利用 Stacked block ridge regression的方法）1 层叠区块脊回归 Stacked block ridge regression1.1 分割区块 Block partitions将转化后的基因型矩阵G分割为B个连续的区块，每个区块所包含的SNP都来自同一条染色体。定义区块的方法有很多种，例如物理距离，遗传距离等等，实际使用中，一般将区块大小固定。设mi为第i个区块的SNP数量，则有：1.2 0级脊回归 Level 0 ridge regressions这一步的目的是减小估计值的数量，使估计值能够捕获（1）区块中SNP之间的LD信息（2）SNP对表性的任何效应。这一步考虑拟合带有L2惩罚项的线性模型（也就是脊回归）。其中，我们可以通过以下式子估计SNP的效应值γ基于以上假设，我们可以将脊回归的收缩系数视为一个SNP遗传力的方程，即由于我们并不知道SNP对于表型真实的效应值，所以考虑使用一组系数来反应SNP的遗传力可能的值。更准确的说，就是选择R个介于0到1之间等间隔的值。然后利用该值来计算λ。对于每个大小为Mi的区块，我们都可以计算出R个估计值，第一步的结果就是一个Nx（BR）的预测值矩阵。1.3 1级脊回归 Level 1 ridge regression1.3 1级脊回归 Level 1 ridge regression为了进一步整合第一步结果W中的预测值，在第一步脊回归的基础上再次脊回归（称为stacking），目的是通过惩罚项获得一个最优化的区块预测值的线性组合。通过变换使W有单位方差，然后进行第二次脊回归，有其中该式的解可以由以下式子表示，该式有一个封闭的解一个最适的w*通过最小化预测值误差来获得，由于W与表型相关，采用K-fold cross-validation来避免过拟合。1.5 LOCO为了避免近端污染（proximal contamination），在 cross-validation 的计算中会将一整条染色体的区块的值，设为0。这样最终，我们会有22个预测值。1.6 对于二分类表型，第一次回归与数量表型一样，但在第二次回归时，采用逻辑斯蒂回归而不是脊回归。STEP 2 关联检验 Association testing第二步，检验，2.1 对于数量表型，考虑一下模型，使用分数检验，统计量如下：2.2 对于二分类表型，采用以下模型2.3 Firth logistic regression（重点）当case-control不平衡时，稀有变异的检验通常会有不稳定的效应估计值与标准差，主要是在逻辑斯蒂回归中，case里不存在minor allele时会出现拟完全分离（quasi-complete separation）。解决方案之一便是，在逻辑斯蒂回归中加入一个惩罚项，但这个方法计算量巨大，所以regenie使用了近似的 Firth logistic regression ，使用了一个调整后的惩罚项：这样就大大减少了计算量，最后应用likelihood ratio test (LRT) 来检验。2.4 regnie在第二步中也支持saige所使用的SPA方法。这里就略过。最后放上文章中的总结图：参考：高效的全基因组回归 Regeniehttps://rgcgithub.github.io/regenie/https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.06.19.162354v2编辑于 2021-04-19 11:26机器学习GWAS生物信息学​赞同 10​​添加评论​分享​喜欢​收藏​申请转载​文章被以下专栏收录GWASLab群体遗传学，遗传统计学，全基因组关

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Database Profile

REGene

General information

URL:

http://REGene.bioinfo-minzhao.org

Full name:

Regeneration gene database

Description:

In the current release, REGene contains 948 human (929 protein-coding and 19 non-coding genes) and 8445 homologous genes curated from gene ontology and extensive literature examination. Additionally, the REGene database provides detailed annotations for each REG, including: gene expression, methylation sites, upstream transcription factors, and protein-protein interactions.

Year founded:

2016

Last update:

Version:

Accessibility:

Manual:

Accessible

Real time :

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Country/Region:

Australia

Classification & Tag

Data type:

DNA

Data object:

Animal

Database category:

Gene genome and annotation

Health and medicine

Major species:

Homo sapiens

Keywords:

animal regeneration

Contact information

University/Institution:

university of the sunshine coast

Address:

School of Engineering, Faculty of Science, Health, Education and Engineering, University of the Sunshine Coast,

Maroochydore DC, Queensland, 4558, Australia.

City:

Queensland

Province/State:

Country/Region:

Australia

Contact name (PI/Team):

S. F. Cummins

Contact email (PI/Helpdesk):

scummins@usc.edu.au

Publications

26975833

REGene: a literature-based knowledgebase of animal regeneration that bridge tissue regeneration and cancer. [PMID: 26975833]

Zhao M, Rotgans B, Wang T, Cummins SF.

Abstract

Regeneration is a common phenomenon across multiple animal phyla. Regeneration-related genes (REGs) are critical for fundamental cellular processes such as proliferation and differentiation. Identification of REGs and elucidating their functions may help to further develop effective treatment strategies in regenerative medicine. So far, REGs have been largely identified by small-scale experimental studies and a comprehensive characterization of the diverse biological processes regulated by REGs is lacking. Therefore, there is an ever-growing need to integrate REGs at the genomics, epigenetics, and transcriptome level to provide a reference list of REGs for regeneration and regenerative medicine research. Towards achieving this, we developed the first literature-based database called REGene (REgeneration Gene database). In the current release, REGene contains 948 human (929 protein-coding and 19 non-coding genes) and 8445 homologous genes curated from gene ontology and extensive literature examination. Additionally, the REGene database provides detailed annotations for each REG, including: gene expression, methylation sites, upstream transcription factors, and protein-protein interactions. An analysis of the collected REGs reveals strong links to a variety of cancers in terms of genetic mutation, protein domains, and cellular pathways. We have prepared a web interface to share these regeneration genes, supported by refined browsing and searching functions at http://REGene.bioinfo-minzhao.org/.

Sci Rep. 2016:6()

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Regene Regetta リジェネ・レジェッタ(CV:朴璐美)《高達00》人物，變革者之一。與Tieria Erde有相同的DNA。除了頭髮捲曲以外於其外貌相似。

中文名

Regene

外文名

高達00

意    義

變革者之一

特    點

相同的DNA

內    容

頭髮捲曲

年    代

1999

性別不明。Regene始創於1999年，一個來自香港服務亞洲的品牌，有着雄厚的醫學背景以通過“肌膚再生”立足於專業，解決各種皮膚問題。所有產品通過嚴謹的檢測及臨牀。為亞洲女性締造“白皙，滑潤，嬰兒般的肌膚”產品已遍佈北美、韓國、香港、台灣及大陸。REGENE歷屆形象代言人2002-2003年 張柏芝2003-2004年 林嘉欣2004--2005年 梁洛施2006--2007年 twins

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源自日本、建基香港、服务亚洲 REGENE婴肌源于1999年由马才就博士联同一群日本的科研人员与香港医学及皮肤专家携手，经过严谨的检测及试用，揉和现代化的科技及天然护肤成分，创造出一系列“高营养、快吸收、快起效（快渗透）”的呵护肌肤产品，旨在透过Skin regeneration,为亚洲女性缔造“白滑、水润、零瑕疵”的婴儿般肌肤。……

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中文名称：婴肌源

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源自日本、建基香港、服务亚洲 REGENE婴肌源于1999年由马才就博士联同一群日本的科研人员与香港医学及皮肤专家携手，经过严谨的检测及试用，揉和现代化的科技及天然护肤成分，创造出一系列“高营养、快吸收、快起效（快渗透）”的呵护肌肤产品，旨在透过Skin regeneration,为亚洲女性缔造“白滑、水润、零瑕疵”的婴儿般肌肤。时至今日，REGENE仍然不断求进，与世界各地的研究机构合作无间，用家遍布香港、北美、日本、韩国及中国，于短短十年间已成为新一代女性热捧的护肤品牌！ 超级品牌 广受认同 REGENE为护肤带来新意，迎合亚洲女性对完美肌肤的需要，全线产品均以创新、速效（快渗透）及滑而不腻的原则，相继推出的皇牌产品，如[一支白滑]、[即白嫩肤擦子胶]、[美肌之汤]系列、[冰川水]系列及[柔肌蜜乳]系列等，均大受欢迎，更于2004年荣获“香港超级品牌”荣誉奖。此外，REGENE系列多元化的面膜产品更赢得一致好评，深受用家爱戴，成为Regene现时的旗舰产品，更让REGENE赢得“Mask expert”的美誉。 Baby skin    Penederm-R REGENE深明真正的肌肤再生应由肌肤底层开始，因此，专利研发了“Penederm-R活渗营养素”，作为营造白滑新肌之源。其粒子极微细，并蕴涵高效活肤养份，能瞬间渗透至真皮层，活化表皮细胞，更新真皮细胞，促进胶原蛋白增生，从最根本孕育出水嫩白滑Baby Skin! 由内蜕变出新生婴儿肌，REGENE婴肌源有着雄厚的医学背景以通过“肌肤再生”立足于专业，解决各种皮肤问题。所有产品通过严谨的检测及临床。为亚洲女性缔造“白皙，滑润，婴儿般的肌肤” ，目前产品已遍布北美、韩国、香港、台湾及中国大陆。为你的智慧选择REGENE喝采！ REGENE抱着婴肌再生的信念，于1999年连同多位日本专家、亚洲医学及皮肤顾问,经严谨测试，柔和现代科技及天然成分，创造出“搞营养、快吸收、快起效”的多元系列产品，给亚洲女性带来Skin Regeneration，缔造“净白、水润、零瑕疵”的婴儿肌肤，给你解决黄气，色素，干燥，粗糙，缺水，痘痘，斑印，松弛，黑头，大毛孔等问题。 REGENE于这9年间创意不断，合作的科研机构遍布世界，用家跨越东南亚各地，数年间已跃升为亚洲最受欢迎品牌之一！ REGENE继续让你婴肌再生

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